Onder het huis verschuilt zich een uitgebreid keldercomplex. De oudste delen gaan terug tot het midden van de zeventiende eeuw, de vroegste bouwfase van het huis. Een deel van de nog oudere stadsmuur, waarover het huis is gebouwd, is hier zichtbaar. Ook bevindt zich er een historische bediendenkeuken (zomerkeuken), met uitzicht op de langsstromende Oude Maas.
Deze kelders lenen zich bij uitstek tot het vertellen van verhalen: de krochten van het verleden, met donkere hoeken, gangen, zware balken en doorkijkjes. Hier kan de bezoeker het verleden van het Patriciërshuis, en daarmee dat van Holland, ervaren. Dit zal geschieden aan de hand van de thema’s ‘Water”, “Wapens” en “Waterloo”.
De eerste twee thema’s zijn in voorbereiding; het thema “Waterloo”is inmiddels gereed.
Voordat de film kan worden vertoond dient er echter een aantal bouwkundige ingrepen te worden doorgevoerd om het vochtprobleem in de kelder aan te pakken. De voorbereidingen hiervoor zijn inmiddels van start gegaan.